1994 - Die Deutsche Bahn AG ist eine Aktiengesellschaft mit unternehmerischen Strukturen in fünf Geschäftsbereichen. Mit der Änderung des Artikels 87 des Grundgesetzes und der Änderung des § 28 des Allgemeinen Eisenbahngesetzes wird der Startschuss zur Umsetzung der Bahnreform gegeben.
1995 - Am 13. Oktober ist der offizielle Baubeginn der Nord-Südstrecke in Berlin.
1996 - Der Nahverkehr wird im Sinne der Bahnreform regionalisiert. Die Bundesländer übernehmen die Aufgaben- und Ausgabenverantwortung für den öffentlichen Personennahverkehr auf der Schiene. Die Länder werden Besteller von Dienstleistungen der Bahn und erhalten vom Bund Geld dafür.
1997 - Der Hauptbahnhof Leipzig, Europas größter Kopfbahnhof, wird nach Grundsanierung eröffnet.
1998 - Innerhalb des 1994 gestarteten Energiesparprogramms Agenda 21 beginnt der Aufbau eines unternehmensweiten Umwelt- und Auditsystems.
Mit der Hochgeschwindigkeitsstrecke Berlin – Hannover (250 km/h) geht am 14. September das erste große Neubauprojekt unter Regie der Deutschen Bahn AG in Betrieb. Die Reisezeiten von und nach Berlin verkürzen sich um über ein Stunde, die Bundeshauptstadt ist an das deutsche Hochgeschwindigkeitsnetz angebunden.
1999 - Die fünf Geschäftsbereiche werden zum 1. Januar in fünf eigenständige Aktiengesellschaften unter dem Dach einer Holding ausgegründet. Damit beginnt die 2. Phase der Bahnreform.
2000 - Die DB AG ist „Official Carrier“ der Weltausstellung „Expo 2000“ in Hannover. 2,2 Millionen Besucher fahren mit der Bahn nach Hannover.
Erstmals kommt der ICE 3 zum Einsatz. Nach dem Thalys (Köln – Paris) nimmt eine weitere internationale Hochgeschwindigkeitsverbindung, Köln – Amsterdam, den Betrieb auf.
Im grenzüberschreitenden Güterverkehr wird mit dem Joint-Venture Railion ein neues Kapitel aufgeschlagen.
2001 - Mit dem Beitritt und der Integration des Güterverkehrsbereiches der Dänischen Staatsbahn DSB in das Joint Venture Railion wird die internationale Kooperation im Güterverkehr weiter ausgebaut.
2002 - Das Jahrhunderthochwasser der Elbe verursacht alleine bei der Bahn einen Schaden von rund einer Milliarde Euro. 400 Kilometer Strecke sind betroffen.
Mit der Hochgeschwindigkeitsstrecke Köln – Frankfurt ist ein wichtiger Teil des europäischen Hochgeschwindigkeitsnetzes fertig gestellt und geht am 1. August 2002 in Betrieb. Erstmals fahren Züge auf deutschen Schienen planmäßig 300 Kilometer pro Stunde.
Die Deutsche Bahn AG übernimmt den Logistik-Konzern Stinnes mit seinem Tochterunternehmen Schenker und bietet die gesamte Logistikkette im Güterverkehr an.
2003 - Der Stinnes-Konzern wird erfolgreich integriert.
Die Hochwasserschäden aus dem Jahr 2002 sind weitgehend beseitigt.
Der Unternehmensbereich Personenverkehr agiert mit einer neuen Struktur in den drei Geschäftsbereichen Fernverkehr, Regio und Stadtverkehr.
Die Dienstleister der Bahn werden zum neuen, fünften Unternehmensbereich Dienstleistungen zusammengefasst.
Rund 280 Eisenbahnunternehmen stehen im Personen- und Güterverkehr in Konkurrenz zur Deutschen Bahn AG.